Manes nació en Quilmes6 pero vivió sus primeros años en Arroyo Dulce, provincia de Buenos Aires, donde su padre era médico rural. Su padre era Pedro Manes, de origen tucumano, y su madre Dora Blazevich, oriunda de la ciudad bonaerense de Salto. En esta ciudad, Manes concurrió a la primaria y a la secundaria en la escuela General Don José de San Martín.

Estudió en la Facultad de Medicina de la Universidad de Buenos Aires, donde se graduó en 1992. Comenzó su carrera de investigador mientras era estudiante de segundo año de Medicina en la UBA, cuando conoció al profesor Tomás Mascitti, titular de Neuroanatomía y al profesor Alfonso Roque Albanese, cardiocirujano…